Die Umsetzung von FFH- und Vogelschutzrichtlinie in Deutschland ist Aufgabe der Länder. Für die Umsetzung im Elbeästuar sind die drei Länder Hamburg, Niedersachsen und Schleswig-Holstein verantwortlich.
Um bei der Umsetzung der beiden Richtlinien im Elbeästuar ökologische und wirtschaftliche Interessen in Einklang zu bringen, haben die drei Länder im September 2007 mit der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes und der Hamurg Port Authority ein Abkommen geschlossen.
Mit dem Abkommen haben die Vertragspartner auf der Rechtsgrundlage des Artikel 6 Abs. 1 der FFH-Richtlinie die Erstellung eines gemeinsamen integrierten Bewirtschaftungsplans für das Elbeästuar vereinbart. Dieser soll die Maßnahmenplanungen zur Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie, die Handlungserfordernisse zur Sicherung und Wiederherstellung der natürlichen Dynamik der Tideelbe und die wirtschaftlichen Nutzungen des Elbeästuars berücksichtigen.
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